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冷却水系统是一个特殊的生态环境，适合多种微生物的生长。但微生物的生长会带来一系列的危害，如设备腐蚀、粘泥沉积等。微生物能产生大量生物粘呢，有附着型生物粘泥，沉积型生物粘泥，悬得型生物粘泥，冷却水系统生物粘泥的生长与发展危害极大，轻则使设备工况恶化，动力消耗增加，重则可导致被迫停车，造成重大经济损失。
1.微生物对金属的腐蚀作用：腐蚀微电池的去极化作用，形成氧的浓差电池促进腐蚀，微生物代谢产物中含有各种酸类，使环境PH下降引起腐蚀。
2.对冷却塔的影响：冷却塔部位光照充足，当风良好。是藻类生长的理想场所。特别是敞顶的冷却塔藻类更加严重，往往引起布水孔堵塞，影响水量和水流分布，藻类在填料层生长，影响溅水板的分散能力，同时还会使通风量减小，降低冷却效率。微生物对混泥土结构也有破坏作用。
3.微生物对水处理药剂的影响：妨碍保护膜的形成，分解水处理药剂，干扰日常控制。
4.粘泥的危害：粘泥是由微生物群体及其分泌物所形成的胶粘状物。粘泥极易附着在设备上，选成沉积物的危害，因多种细菌都能产生粘泥，通常分不出粘泥是由何种细菌产生的，一般水中异养菌数量高时，容易产生粘泥，故循环水中的异养菌数量应作为控制指标。